Yhtiöllä on ydinenergialain mukaan vastuu ydinjätehuoltoon liittyvistä toimenpiteistä ja niiden kustannuksista.
Konsernitilinpäätöksen veloissa on esitetty IFRS-säännöstön mukaan laskettu ydinjätehuoltovastuuseen liittyvä varaus 952,0 (953,1) miljoonaa euroa ja varoissa on esitetty vastaava määrä yhtiön osuudesta Valtion ydinjätehuoltorahastossa.
Ydinjätehuollon tulevien kustannusten kattamiseksi yhtiö suorittaa maksuja ydinenergialain mukaisesti Valtion ydinjätehuoltorahastoon. TEM vahvisti marraskuussa 2018 yhtiön ydinjätehuollon vuoden 2018 lopun vastuumääräksi 1 505,8 (1 481,6) miljoonaa euroa ja yhtiön vuoden 2019 rahastotavoitteeksi Valtion ydinjätehuoltorahastossa 1 505,8 (1 470,8) miljoonaa euroa.
Ydinjätehuoltorahasto vahvisti maaliskuussa 2018 yhtiön vuoden 2017 ydinjätehuoltomaksuksi 33,6 (49,1) miljoonaa euroa, joka maksettiin rahastoon 31.3.2018 (31.3.2017). Vuoden 2018 ydinjätehuoltomaksu vahvistetaan maaliskuussa 2019.
Matala- ja keskiaktiivista voimalaitosjätettä on OL1:n ja OL2:n toiminnan aikana kertynyt yhteensä 8 214 (7 428) m3. Jätemäärä kasvoi noin 786 m3 vuoden 2018 aikana. Jätteet loppusijoitetaan Olkiluodon matala- ja keskiaktiivisen jätteen luolaan (VLJ-luola).
Käytettyä ydinpolttoainetta on vastaavasti kertynyt vuoden loppuun mennessä 1 531 (1 498) tonnia, josta 33 (33) tonnia vuonna 2018. Käytetty ydinpolttoaine on varastoituna laitosyksiköiden polttoainealtaissa sekä Olkiluodon käytetyn polttoaineen välivarastossa.